使用教程丨SnapGene 工具会运行多线程吗？

SnapGene 可以在具有多核 CPU 的计算机上并行运行一些操作。
成对和多重比对
SnapGene 捆绑并使用许多用于比对算法的可执行文件（MAAFT、Clustal Omega、Muscle、T-Coffee、Parasail）。
MAFFT 算法可以使用多个内核来更快地计算比对。默认情况下，它将使用适当数量的可用内核。
所有其他成对和多重对齐算法都被编写和编译为在单个内核上运行。

如果您选择一次运行多个对齐算法，那么每个算法将在一个单独的内核中并行运行。
对齐参考
“参考对齐”工具在单核上运行。它主要设计用于根据参考验证独立序列。它不应与超过几百个对齐的序列一起使用。
从头组装
SnapGene 捆绑了 CAP3 算法，用于将读数从头组装到重叠群中。CAP3 算法不是多线程的。我们提供用于生成 Sanger read 程序集的 CAP3 工具，我们不建议将其用于大型（超过几百个 reads）fastq 或 Sanger 数据集。