如何使用FCS Express 探索 tSNE/UMAP 图？

探索 tSNE/UMAP 地图（与任何其他降维数据集一样）的目标之一是表征由它定义的人群。在细胞计数中，这意味着定义图上定义的种群/“岛屿”的表型，以赋予它们生物学相关的命名。FCS Express 允许用户以多种方式有效地探索和命名种群：经典反向门控、参数叠加和密度图。
高维数据分析中最重要的步骤之一是探索经过 tSNE、UMAP 或其他降维算法后获得的降维数据集。此步骤的目的之一是对映射在地图上的不同种群进行生物分类。在 FCS Express 中，此过程非常简单且动态。
下面介绍了一些用于可视化和分析的选项和想法。
经典的backgatingCollapse
在降维数据集（例如 tSNE 地图、UMAP 地图、PCA、地图等）上围绕感兴趣人群创建门后，可以在经典二维彩色点图上对感兴趣人群进行反向门控。
然后可以在地图上四处移动感兴趣的门，让您立即看到在实时更新的彩色点图上反向设置的感兴趣的人口。
提示 1：NxN Multiplots功能可用于快速创建 NxN 绘图矩阵。
提示 2 ：可以强调感兴趣的群体，使其在色点图上更容易识别，这在群体稀少时特别有用。

参数叠加Collapse
也可以使用参数叠加来研究感兴趣人群的表型。参数叠加功能允许用户在叠加直方图（每个参数单独叠加）上绘制参数分布，该直方图可以根据地图上定义的感兴趣人群进行门控。通过利用参数叠加，用户可以快速评估门控群体中许多标记在许多参数中的分布。
提示：可以通过覆盖格式对话框轻松自定义覆盖。

带有“全部颜色”选项的密度图Collapse
密度图上的事件通常根据图本身（计数）内细胞的密度分布进行着色。密度热图也可以代表数据集中任何参数的热度。例如，密度图上的事件可以根据感兴趣的标记/参数的表达水平进行着色，并且通过可视化代表许多参数的许多密度图，研究人员可以深入了解哪些“岛”包含感兴趣的表型并监测之间的变化团体。
FCS Express 允许用户快速轻松地创建和定义密度图组，这些密度图将在一个或几个密度图上手动或通过 NxN Color by All 选项自动热图感兴趣的参数。