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OmicsBox一体式生物信息学软件
OmicsBox 是领先的生物信息学解决方案，可提供基因组、转录组和宏基因组的端到端 NGS 数据分析。该应用程序被全球顶级私人和公共研究机构使用，使研究人员能够轻松处理大型和复杂的数据集，并简化他们的分析过程。它被设计为用户友好、高效，并具有一套强大的工具，可以从组学数据中提取生物学见解。

该软件由不同的模块组成，每个模块都有一组特定的工具和功能，旨在执行不同类型的分析，例如从头基因组组装、遗传变异分析、差异表达分析和微生物组数据的分类学分类，包括功能解释和丰富的结果可视化。功能分析模块包括流行的 Blast2GO 注释方法，使 OmicsBox 特别适合非模式生物研究。超过 15k 的科学研究引用证明了这一点。OmicsBox 开箱即用，适用于任何装有 Windows、Linux 或 Mac 的标准 PC 或笔记本电脑。
基因组分析模块
基因 组分析模块 是一种高效且用户友好的工具集，用于表征和分析新测序的基因组。使用FastQC和Trimmomatic执行质量控制，然后使用ABySS、SPAdes和Flye 等流行算法组装全基因组序列。BWA和Bowtie2用于读取比对，并且还提供了在基因预测之前进行重复识别和掩蔽的工具。OmicsBox 通过组合基因组序列、比对、内含子-外显子结构和变异数据的轨迹实现注释的可视化。
•质量控制与评估
•基因组作图和组装
•重复掩蔽和基因发现
•基因组管理工具


遗传变异模块
遗传 变异模块 允许变异调用、过滤和注释，以及全基因组关联研究，以将遗传变异与特定性状或疾病相关联。该模块使用BCFtools和FreeBayes提供两种变体调用和过滤分析策略。生成的 VCF 文件可以通过Ensembl的Variant Effect Predictor进行注释，并且可以执行引导的全基因组关联研究来识别与特定性状相关的遗传变异。在最近的审查研究中，该工具组合优于其他选择。
•快速变体调用和过滤
•支持 GBS 和 WGS 数据
•自定义变体注释
•全基因组关联研究

转录组学模块
转录组学模块允许  以灵活直观的方式处理从原始读取到功能分析的 RNA-Seq 数据。质量控制之后是使用STAR或BWA或使用Trinity 的从头转录组组装与参考基因组比对。可以预测编码区域，并且可以使用HTSeq或RSEM量化表达。NOISeq、edgeR或maSigPro等统计包可检测差异表达的基因。单细胞 RNA-Seq 工具可识别细胞群和谱系轨迹。集成了富集分析以轻松识别过度和不足的生物功能。
•从头组装和对齐
•差异表达分析
•长读转录组学
•单细胞 RNA-Seq

功能分析模块
功能分析 模块 提供 生物学背景作为分析选项。Blast2GO方法允许通过基于云的Blast、InterPro和EggNog搜索生成的快速比对、域和直系同源信息，灵活地将可靠的功能标签分配给新序列。此外， Fisher 精确检验和GSEA等富集方法可识别过度和不足的生物功能。Combined Pathway Analysis 可识别任何序列集的Reactome 和KEGG 通路，允许进行通路富集计算并提供丰富的可视化效果以获取见解。
•基本序列分析
•Blast2GO 功能注释
•富集分析
•使用 KEGG 进行通路分析

宏基因组学模块
宏基因组模块支持  微生物组数据分析，包括宏基因组数据的组装、注释和分类。Kraken识别微生物直至菌株水平，MetaSPAdes和MEGAHIT在云端轻松快速地组装大型数据集。FragGeneScan和Prodigal识别和提取可能的基因和蛋白质，并提供各种数据库的功能注释。统计测试可以识别样本之间的分类学和生物学功能的差异丰度，并通过丰富的可视化来帮助解释。
•宏基因组组装
•生物分类
•功能注释与分析
•对比分析